Mario Aschauer wurde 1980 in Linz/Donau geboren. Während der Zeit am Linzer Musikgymnasium begann er seine Studien in Orgel, Klavier, historischen Tasteninstrumenten und Dirigieren in Linz und Salzburg, sein Diplom in Dirigieren erhielt er am Linzer Bruckner-Konservatorium im Alter von 17 Jahren. Zu jener Zeit sammelte er auch seine ersten dirigentischen Erfahrungen mit dem Orchester des Linzer Musikgymnasiums, dem VOEST Chor Linz, dem Linzer Jeunesse Orchester, dem Innviertler Symphonie-Orchester und den Virtuosi di Praga.

Der Reifeprüfung am Musikgymnasium folgten Studien in Musikwissenschaft und Philosophie an der Universität Wien (Mag. phil. und Dr. phil. mit Auszeichnung). Die Dissertation über Deutschsprachige Clavier-Lehrwerke in der 2. Hälfte des 18. Jahrhunderts erscheint als Handbuch Clavierschulen im Bärenreiter-Verlag Kassel.

Seine Karriere als Musikwissenschafter begann Aschauer als Assistent von Prof. Herbert Seifert am Institut für Musikwissenschaft der Universität Wien (2004–2006). Seit 2008 ist er Mitarbeiter der Neuen Schubert-Ausgabe an der Kommission für Musikforschung der Österreichischen Akademie der Wissenschaften, seit 2012 auch Mitglied der Editionsleitung. Er lehrt regelmäßig an der Universität Wien und der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien. Seine Forschungs- und Publikationstätigkeit konzentriert sich derzeit hauptsächlich auf Schaffensprozess-Forschung (besonders Schubert und Bruckner) und Clavier-Aufführungspraxis. 2012/13 verbringt Aschauer ein Forschungsjahr an der Yale University in den USA.

Mit seinem Ensemble NovAntique Linz spezialisierte sich Mario Aschauer mit historischem Instrumentarium auf die Musik des späten 18. Jahrhunderts abseits des Standard-Repertoires: hauptsächlich große geistliche, oratorische und sinfonische Werke von Gassmann, Gossec, Lebrun, Kraus, A. Salieri und Wagenseil. Darüber hinaus arbeitet Aschauer auch mit anderen Alte-Musik-Ensembles zusammen wie etwa dem Ensemble Progetto Semiserio und dem Harmony of Nations Baroque Orchestra, mit dem er zum ersten Mal alle erhaltenen Sätze von Schuberts Opernfragment Adrast aufführte. Die Aufnahme des Konzerts wurde unter anderem auf BBC Radio übertragen und erhielt den "Pasticcio-Preis" des Österreichischen Rundfunks. Neben seiner Tätigkeit als Dirigent und Ensembleleiter konnte sich Aschauer ein breit gefächertes Repertoire als Cembalist und Fortepianist (Mag. art. mit Auszeichnung, Univ. f. Musik u. darst. Kunst Wien) aufbauen. Er ist Mitglied des Calamus-Consort, das für seine Interpretationen österreichischer Barockmusik den ersten Preis beim Internationalen H.I.F.-Biber-Wettbewerb 2009 erzielte und seither zu vielen renommierten Alte-Musik-Festivals eingeladen wird (Resonanzen Wien, Bach-Fest Leipzig, Itinéraire Baroque Brantôme).